Con Palonegro, la guerra se volvió un conflicto sin sentido y carente de significado para los partidos. Los liberales aguantaban desesperadamente ante las escasas ayudas de otros países, al tiempo que el propio partido se dividía entre Pacifistas y Belicistas. Los conservadores Nacionales pronto comprendieron que lo mejor era detener la guerra, que ya por entonces se centraba en Panamá y la costa del Mar Caribe.
Con esa decisión, se evitó internacionalizar la guerra (en Venezuela se trataba de provocar un conflicto abierto a través de su presidente Cipriano Castro quién apoyaba a Uribe Uribe para colocarlo en el poder). Las tropas de Marroquín lograron cortar la ayuda venezolana a los liberales (29 de julio de 1901), quienes fueron derrotados por el general conservador Juan Tovar. El general Uribe se vio entonces obligado a rendirse, pero con algunas condiciones.
Hundimiento del barco Lautaro en Panamá, 1902.
